1940-1944年期间车臣在哈桑·伊斯拉伊洛夫及其兄弟侯赛因**下发动了反抗苏联当局的抵抗运动。苏联当局不但对其派部队进行剿灭，还动用了轰炸机对藏身的地方进行轰炸，但收效甚微。在打击抵抗分子的同时，苏联当局将很多原本并没有参与的车臣人和印古什人视为同谋而被执行枪决。仅在1942年初就有超过1万名车臣人和印古什人被杀害，而失踪的人口则达到了2-3万。

   

     德国进攻期间，反叛武装又与德军进行过军事配合，并获得过德军的同情和支持。1944年1月31日苏联国防委员会第5073号决议和2月21日苏联内务人民委员部第00193号命令，以卫国战争期间与法西斯相勾结为由，迁移整个车臣民族和印古什民族。共迁移车臣人393229名、印古什人91250名到哈萨克和吉尔吉斯。根据1944年3月7日苏联*高苏维埃主席团第116-102号命令，车臣－印古什自治共和国被撤销。这次迁移几乎是种族灭绝式的，这也为以后车臣叛乱以及苏联解体埋下了祸根。